Ochrona środowiska w planowaniu przestrzennym to wiodąca część działalności w projekcie EnviMap. W jej ramach wykonywane są opracowania wynikające z przepisów prawa, a także standardy w zakresie sporządzania prognoz oddziaływania na środowisko. Dorobek projektu w tym dziale obejmuje między innymi recenzowane publikacje naukowe, afiliowane przez renomowane jednostki. Wynika to z połączenia sprawdzonych i bezpiecznych metod z równoczesnym zastosowaniem najnowszych narzędzi oceny, co daje gwarancję skutecznego przeprowadzenia strategicznej oceny oddziaływania na środowisko (SOOŚ) oraz osiągnięcia zamierzonych celów. Przygotowane zostają między innymi: opracowania ekofizjograficzne, analizy środowiska, czy inwentaryzacje przyrodnicze.